支原體感染可根據具體的支原體類型選擇大環內酯類、氟喹諾酮類等抗生素進行治療，具體的藥物選擇以醫囑為準。
支原體感染的情況下，早期遵醫囑使用適當的抗生素藥物可減輕癥狀及縮短病程。通常大環內酯類抗菌藥物為首選，如紅霉素片、羅紅霉素片和阿奇霉素片等。氟喹諾酮類藥物也是可以的，如鹽酸左氧氟沙星膠囊、加替沙星膠囊和鹽酸莫西沙星片等，以及四環素類藥物，如鹽酸米諾環素膠囊、鹽酸多西環素膠囊等用于肺炎支原體肺炎的治療。因肺炎支原體無細胞壁，青霉素或頭孢菌素類等抗菌藥物無效。
致病支原體中，肺炎支原體可引起肺炎，人型支原體，解脲支原體和生殖器支原體主要引起泌尿生殖道感染。肺炎支原體無細胞壁結構，兼性厭氧，推薦遵醫囑使用四環素類藥物。病原體通常存在于呼吸道纖毛上皮之間，不侵入肺實質。而生殖器支原體感染是一種性接觸傳播疾病，成人主要通過性接觸傳播，新生兒則由母親生殖道分娩時感染，推薦遵醫囑使用大環內酯類、氟喹諾酮類都是可以的。
恢復期間要注意飲食清淡，避免吃辛辣刺激的食物。