兒童陰莖短小通常不存在治療的最佳時間。通常在5-6歲進行治療比較好。
兒童陰莖短小是指陰莖外觀正常、但長度小于同齡人平均長度2.5個標準差以上者。陰莖的長度與直徑比值正常，可有陰莖海綿體發育異常，睪丸發育差或下降不全。能夠導致兒童陰莖短小的原因有很多，主要與遺傳因素、性激素分泌異常、肥胖等有關，也可能沒有明確的病因。兒童陰莖短小進行體格檢查時，通常會發現無陰囊，睪丸小、軟、下降不全或缺如等畸形，肛門指診檢查通常會發現前列腺較正常人群小。
通常建議兒童在3-5歲時，及時前往醫院的兒科進行治療，明確病因后需要對癥進行治療，可以入院進行隱匿陰莖矯正術，徹底切除所有發育異常的肉膜及纖維條索，使陰莖充分顯露，越早做手術越有利，因為隨著年紀的增長，對于兒童的心理發育、生理發育都不利。
保持房間安靜、整潔、舒適；保持良好的作息時間和生活習慣；經常參加體育鍛煉，增強體質，避免肥胖，定期入院進行復查，了解機體的恢復情況。