川崎病屬于自限性疾病，積極治療后患者的預后良好，復發率為1%-2%。小孩患有川崎病治愈以后，一般不會出現后遺癥，如果沒有經過有效治療，10%-20%的小孩可能會出現冠狀動脈病變，建議長期密切隨訪。
川崎病也被稱為黏膜皮膚淋巴結綜合征，可能與立克次體、葡萄球菌、鏈球菌等致病菌感染有關，小孩可能會出現發熱、球結合膜充血、皮疹等癥狀，一般需要在醫生的指導下使用阿司匹林片，或者靜脈注射人免疫球蛋白等藥物進行治療，從而預防冠狀動脈病變的發生，通過治療后不會出現后遺癥。
如果小孩出現冠狀動脈病變，建議遵醫囑使用氯吡格雷聯合阿司匹林進行抗血小板凝集治療，也可以在醫生的指導下進行冠狀動脈搭橋術治療。即使進行積極的治療，小孩也可能會遺留管壁增厚、管壁彈性減弱等問題。
小孩川崎病得到治療后，建議在第1、3、6個月及1-2年進行全面檢查，如心電圖檢查、超聲心動圖檢查等。發生冠狀動脈病變的小孩，應長期密切隨訪，需每6-12個月進行一次檢查。對于使用免疫球蛋白等藥物進行治療的小孩，11個月內不建議接種麻疹、腮腺炎等疫苗，避免干擾體內的免疫應答。