打了HPV疫苗后還是感染HPV，與疫苗本身、注射之前感染、性生活不潔有關，大多數感染可通過自身免疫力清除，無需擔心，但需注意定期復查。若持續感染，可能有發生宮頸癌前病變的風險。
1、疫苗本身：疫苗有二價、四價和九價三種，其中二價疫苗是預防兩種比較高危的病毒，包括HPV16型和HPV18型，四價只可以預防HPV6、HPV11、HPV16、HPV18四型，九價疫苗除了預防HPV6和HPV11兩種低危的病毒以外，還可以預防HPV16和18型等7種高危的人乳頭瘤病毒感染。打了HPV疫苗以后，可以預防以上所說的這些病毒感染，而HPV總共有100多個亞型，疫苗并不能夠預防所有的HPV感染，所以打了HPV疫苗后，仍然有可能感染HPV；
2、注射之前感染：部分人在打疫苗之前沒有做檢查，或者已經感染HPV病毒，沒有檢查出來就去打了HPV疫苗，因此就會造成打了疫苗以后又發現感染HPV的現象；
3、性生活不潔：HPV這種病毒主要發生在有不潔性生活史或自身免疫力低下的人群，性伴侶感染了HPV后就可能會傳染給已經打疫苗的人，所以最好的預防方法就是避免自己和性伴侶有不潔的性生活。