結核RNA陰性是指痰液、肺泡灌洗液、組織液、胸水、腦脊液、血液等標本中沒有查到結核桿菌遺傳物質，說明機體未感染過結核桿菌，或者感染過結核桿菌但疾病已經治愈。部分情況下，結核RNA陰性可能是檢測誤差導致，可以進行復查。
如果沒有接觸或感染結核桿菌，體內沒有結核桿菌生長繁殖，結核桿菌RNA檢測通常是陰性。如果本身為結核病患者，進行了系統的抗結核治療，體內的結核桿菌已經被殺死，結核桿菌RNA檢測也會為陰性，說明患者已經基本痊愈，不具有傳染性。
但需要注意，若患者處于感染結核桿菌的早期，可能會因體內結核桿菌數量少，而沒有查到結核桿菌遺傳物質，出現結核RNA陰性的情況。如果存在肺結核接觸史，并出現發熱、肺部CT有典型結核表現等情況，需要反復進行結核桿菌RNA檢測，以免漏診。