小兒皰疹性咽峽炎不是手足口病，二者雖然均是由腸道病毒感染所導致的疾病，但不是同一種疾病。建議家長及時帶小兒前往醫院的兒科或感染科就診，以明確診斷，并在醫生指導下進行相應的抗病毒治療。
皰疹性咽峽炎是腸道病毒感染引起的急性上呼吸道感染性疾病，好發于3-10歲的兒童?；颊叩牡湫桶Y狀為口腔咽峽部皰疹，多在口腔后部，如咽腭弓、?軟腭、懸雍垂等處，呈散在的灰白色小皰疹，直徑1-2mm，周邊有紅暈，并且會逐步破潰，形成黃色，通常會在4-6周自愈。但該疾病大多不會引起手部或者足部出現皰疹，這一點與手足口病存在區別。
手足口病雖然也是感染腸道病毒所引起的疾病，但與皰疹性咽峽炎是有區別的。手足口病患者前期可出現發熱、困倦、局部淋巴結腫大等癥狀，之后會在口腔黏膜、手掌、足底等部位，出現散在的水皰、丘疹與斑疹。初起時多為小水皰，但會迅速成為潰瘍，一般5-10日可愈合。如果除口腔、咽喉部的皰疹外，還伴隨手、足等部位的皰疹，同時急性期與恢復期的血清CoxA16、EV71，相比較于之前有4倍以上升高，則可以確診為手足口病。