肝囊腫形成大多由于先天性的原因，還可因繼發其他疾病或者感染寄生蟲引起。通過藥物或者手術治療可使其消失。
1、先天原因。屬于先天性的肝囊腫，發病原因目前不明，可能由于胚胎時期，肝內的膽管以及淋巴管發育出現異常、膽道纖毛發育異常等等原因，最后形成囊腫。多囊性的肝囊腫治療可給予藥物如mTOR抑制劑、熊去氧膽酸等，嚴重時需要手術切除治療；單純性的囊腫，藥物治療無效，可以選擇穿刺或者外科手術進行治療。
2、獲得性原因。即繼發其他的疾病而出現的肝囊腫，如創傷、炎癥或腫瘤等。需要先治療原發性疾病，囊腫可自行消失，或者通過藥物、手術切除治療。
3、肝包蟲引起。是因為人體感染了細?；蛘呤嵌喾考蚪{蟲等寄生蟲引起的肝包蟲囊腫。治療一般是選擇手術，可選擇穿刺抽吸囊腫、外科手術等，并配合藥物輔助治療，如給予抗寄生蟲藥物化療如甲苯達唑。
肝囊腫是一種肝臟的良性病變，按照囊腫的數目，可以分為單純性以及多囊性的肝囊腫。早期囊腫可不表現出臨床癥狀，隨著囊腫體積逐漸增大，壓迫周圍的臟器時，可表現出進食后腹脹、惡心嘔吐、腹痛等癥狀，繼發感染還可表現出全身發熱、黃疸等。
患者發現疾病時，需要及時到醫院進行診治，該疾病要盡早治療，適當選擇手術的方法，愈后良好。若疾病發展到晚期，囊腫數量增多，以及體積異常增大，引發梗阻等情況時，患者愈后較差。