一般情況下，HPV吸附疫苗和大腸桿菌疫苗是指雙價人乳頭瘤病毒吸附疫苗和雙價人乳頭瘤病毒疫苗（大腸桿菌），二者的區別主要包括性狀不同、成分不同、生產效率不同等。
1、性狀不同：雙價人乳頭瘤病毒吸附疫苗靜置時為無色上清液和白色沉淀，搖勻后呈混濁液。而雙價人乳頭瘤病毒疫苗（大腸桿菌）為混懸液。
2、成分不同：雙價人乳頭瘤病毒吸附疫苗含有重組人乳頭瘤病毒16型L1蛋白和重組人乳頭瘤病毒18型L1蛋白各20μg，而雙價人乳頭瘤病毒疫苗（大腸桿菌）含有40μg重組人乳頭瘤病毒16型L1蛋白、20μg重組人乳頭瘤病毒18型L1蛋白。
3、生產效率不同：雙價人乳頭瘤病毒疫苗（大腸桿菌）的成本相對較低，生產效率高。而雙價人乳頭瘤病毒吸附疫苗以昆蟲細胞為載體的，生產效率相對較低。
另外，兩種疫苗的生產地、價格等方面也存在差異。