超聲波理療與沖擊波理療的區別是原理不同、適用范圍不同、禁忌證不同等，因此，進行任何治療都建議在正規醫療機構進行操作，并積極配合醫務人員。
1、原理不同：超聲波理療是超聲波作用于人體組織產生機械作用、熱作用和空化作用，導致人體局部組織血流加速，血液循環改善，血管壁蠕動增加，細胞膜通透性加強，離子重新分布，新陳代謝旺盛，組織中氫離子濃度減低。沖擊波理療是指利用壓縮氣體產生機械性脈沖波，以脈沖方式沖擊治療部位的一種治療方法。
2、適用范圍不同：超聲波理療的適應證是外科疾病，如軟組織扭挫傷、乳腺炎、肩關節周圍炎、增生性脊柱炎、顳頜關節炎、腱鞘炎等。皮膚科疾病，如濕疹、蕁麻疹、瘙癢癥、硬皮病、神經性皮炎、牛皮癬、帶狀皰疹等。神經科疾病，如神經炎、神經痛、坐骨神經痛、腦血栓形成、腦梗死、腦出血等。沖擊波理療主要用于較嚴重的骨折患者，還有慢性損傷性疾病者，如筋膜炎、肌腱炎、腱鞘炎等。
3、禁忌證不同：超聲波理療的禁忌證是急性全身性感染、高熱、活動性肺結核、嚴重心臟病的心區和星狀神經節、出血傾向、感覺神經異常的局部、惡性腫瘤等，沖擊波理療禁忌證是肌腱及筋膜損傷急性期、病理性骨折急性期、肌腱斷裂者、關節液滲漏者，以及嚴重高血壓、嚴重心臟病患者。
除上述情況外，還存在一定區別，如不良反應不同、副作用不同、治療優勢不同等。一般進行上述治療后要注意保持健康、均衡飲食，多吃富含豐富蛋白質和維生素的食物，如魚、肉、蛋、奶和新鮮的水果、蔬菜，如蘋果、菠菜等。