胸腺法新和胸腺五肽在臨床上均是以注射劑的形式存在，用于改善機體免疫系統功能的藥物，但是由于它們的藥物成分存在區別，所以藥理作用、適應證、給藥方式上也有所區別。
1、藥物成分：兩者均是從胸腺中提取的多肽刺激衍生物，但成分有所區別。胸腺法新的主要成分為胸腺肽α1，是由28個氨基酸組成的多肽。而胸腺五肽主要成分為胸腺五肽，是由5個氨基酸組成；
2、藥理作用：胸腺法新是通過激活有絲分裂原，刺激外周血淋巴細胞的T細胞成熟，可以增強機體免疫系統反應，屬于免疫增強藥。而胸腺五肽是可以誘導、促進T淋巴細胞及其亞群分化、成熟和活化，調節T淋巴細胞的比例，屬于免疫雙向調節藥，具有調節和增強人體細胞免疫功能的作用；
3、適應證：胸腺法新主要用于治療慢性乙型肝炎，也可用于慢性血液透析和老年病患者。而胸腺五肽不僅可以用于治療慢性乙型肝炎，還可以用于治療各種T細胞缺陷病、自身免疫性疾病，如兒童先天性免疫缺陷病、系統性紅斑狼瘡等，也可以作為腫瘤的輔助治療，用于改善腫瘤患者因放療或化療導致的免疫功能低下；
4、給藥方式：兩者均是注射劑，但是胸腺法新只能通過皮下注射，而胸腺五肽臨床上可以通過皮下、肌肉注射等形式給藥。