對AITD相關腎病綜合征的治療目前尚缺乏統一認識。有文獻報道免疫抑制劑和甲狀腺切除可能有效。但對本病更應強調對AITD本身的充分治療由于臨床上在腎病綜合征時大量蛋白尿可造成甲狀腺結合球蛋白的丟失，常可加重甲減故對此類病人的甲狀腺替代治療劑量通常需增加。清除甲狀腺抗體及異常的甲狀腺抗原是治療的主要環節。
　　1.Graves病是由于治療甲亢的藥物嘧啶類及咪唑類具有輕度抑制Grayes病自身免疫反應可降低血循環中甲狀腺自身抗體，故可使蛋白尿減少。
　　2.免疫抑制劑的應用加類固醇激素與硫唑嘌呤(依木蘭)，可使部分患者蛋白尿減少。
　　3.甲狀腺切除對蛋白尿的作用不明確 但在首例Graves病合并腎病綜合征患者，長期服用甲巰咪唑(他巴唑)療效不佳最后切除甲狀腺并追蹤11個月后蛋白尿明顯減少，腎小球濾過率無改變。重要的是切除甲狀腺的時機，其緩解幾乎只限于Ⅰ～Ⅱ期膜性腎炎患者。
　　4.放射性碘治療對蛋白尿的療效亦不明確，甚至可使蛋白尿惡化。