判斷IgA腎病的嚴重程度需要考慮臨床分級和癥狀的嚴重程度。根據LEE分級，通常Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級的IgA腎病為輕度病情。Ⅳ、Ⅴ級的IgA腎病，腎小管和腎間質的改變明顯為嚴重病情。
1.輕度病情：LEE分級中的Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級，腎小管和腎間質基本沒有改變，腎小球情況也相對良好。此時，治療主要針對癥狀進行，如果有反復的肉眼血尿，需要控制感染，選擇無腎毒性的抗生素，如肌注青霉素、口服頭孢菌素等；如果伴有蛋白尿，可選用ACEI（血管緊張素轉化酶抑制劑）或ARB（血管緊張素受體拮抗劑）治療，如卡托普利、纈沙坦等。
2.嚴重病情：LEE分級中的Ⅳ、Ⅴ級，腎小管和腎間質有明顯損傷，通常可見腎小管萎縮、腎小球新月體等。如果伴有肌酐升高，則病情較為嚴重。此時需要使用大劑量的免疫抑制劑或其他細胞毒藥物，如糖皮質激素、環磷酰胺等，必要時進行透析治療。
IgA腎病可能是由于循環中的免疫復合物在腎臟內沉積，激活補體導致腎損害。IgA腎病的10年腎臟存活率約為80%-85%，20年約為65%，但個體差異較大，有些患者長期預后良好，而有些患者可能會迅速進展為腎衰竭。