一、遺傳的因素：20%的自閉癥者中，他的家族可找到有智能不足、語言發展遲滯和類似自閉癥的。此外，自閉癥男童中約10%有染色體脆弱癥。二、懷孕期間的病毒感染：婦女懷孕期間可能因麻疹或流行性感冒病毒感染，使胎兒的腦部發育受損傷而導致自閉癥。三、新陳代謝疾病：如苯酮尿癥等先天的新陳代謝障礙，造成腦細胞的功能失調和障礙，會影響腦神經訊息傳遞的功能，而造成自閉癥。四、腦傷：包括在懷孕期間窘迫性流產等因素而造成大腦發育不全，生產過程中早產、難產、新生兒腦傷，以及嬰兒其因感染腦炎、腦膜炎等疾病造成腦部傷害等因素，都可能增加自閉癥機會。