肛瘺的手術康復通常約需1個月時間，其原本是一種有菌的手術，由于每天都會大便，只需便后溫水坐浴即可，保持肛周清潔，則不可能出現感染，如創口被感染，則好轉發燒，傷口未愈合等。
此外，患者還可以多吃水果，如草莓、櫻桃、蘋果等，不但含有豐富的維生素營養，而且能夠促進消化。