大多支原體感染不是很嚴(yán)重的病，但是延誤治療，很有可能會變得嚴(yán)重。
支原體肺炎具有某些自限性，大多數(shù)病人不經(jīng)治療能自愈，經(jīng)系統(tǒng)治療后，預(yù)后良好。生殖支原體，人型支原體等、解脲支原體經(jīng)選擇敏感的藥物治療預(yù)后良好。支原體感染會導(dǎo)致泌尿生殖道疾病，如果沒有得到及時的治療，就會造成流產(chǎn)和不孕的狀況。