人工流產第五天肚子疼腰疼是急性腰腹部扭傷、流產不全等原因。具體分析如下：
人工流產第五天時肚子痛腰痛，要考慮是否為急性腰腹部扭傷，也很可能會導致腰痛和腹痛的癥狀，患者要注意多休息。也要考慮是子宮腔內殘留胚胎組織，流產不全導致的，刺激子宮內膜，就很可能會出現不適癥狀，建議患者去醫院檢查，及時清宮手術來清除殘留物。