小三陽治療原則是：恢復肝功、抗病毒、阻止肝纖維化三結合。目前的研究表示確實沒有一種藥物可以直接殺滅乙肝病毒，有的人之所以說乙肝小三陽能轉陰并不是藥物直接起的起得作用，而是自身的免疫系統可以清除乙肝病毒。　治療乙肝目前的難點就是如何刺激免疫系統，打破免疫耐受，讓機體免疫系統清除病毒。