腦炎的患者的診斷一般來說是需要結合患者的病史、相應的體格檢查和輔助檢查才可以確診。
發熱、頭痛、癲癇發作、肢體的活動障礙、肢體的某些癲癇，尤其是局灶性的癲癇發作、反應遲鈍、認知行為異常、共濟失調等癥狀的患者，在發病前可能有感冒、受涼的病史，通過輔助檢查可以發現病灶，腰椎穿刺腦脊液檢查也能發現相應的抗體陽性和生化異常。腦炎的診斷要結合自身免疫性疾病、局灶性癲癇發作、自身免疫性疾病引起的中樞神經系統的病變、血管性疾病、肢體活動障礙等疾病的鑒別診斷。