通常情況下，食管過短是先天性、疾病、環境等引起的。
先天性：先天性食管過短是由先天性解剖學上的異常引起的。胃向膈上移動，食管較短，無法保持胃在膈肌下的正常解剖狀態。通過胸主動脈的分支，直接提供胃的血液供應。胸腔前側無囊狀的腹膜，向上突出到膈上。橫膈孔的腹腔解剖學上無異常。
疾病：先天性胃疝反流、食管潰瘍、炎癥性食管纖維化等疾病可能會導致食管過短。
環境：惡劣的緩解會造成胎兒的基因變異，從而造成胎兒的食道發育不正常。