大拇指指甲凹凸不平，可能是多方面的因素導致。最常見的可能是局部的外傷而形成的甲母質功能障礙，最終形成甲板的凹凸不平。也有可能是慢性濕疹，或者是銀屑病以及其他的皮膚病繼發形成的指甲凹凸不平。當然也有可能是甲真菌病而造成的指甲的損害，最終形成甲板的變形。另外，也有可能是微量元素的缺乏導致甲板形態異常。