原發性腦干損傷可通過創傷引起頭部撞擊，可導致腦干撞擊顱骨板，或導致腦干損傷的腦組織運動或扭曲；或導致顱骨壓縮、嚴重變形或腦室內腦脊液IMP的頭部損傷。導致導水管周圍或第四腦室底部受傷的行為。原發性腦干損傷常伴有彌漫性腦半球損傷。在嚴重的病例中，手術是必要的，晚期康復也很重要。