治療腦血管堵塞的藥物，首先是溶栓的藥物有尿激酶、r-tpa，副作用是顱內出血，危險系數高；其次，抗凝的藥物有肝素、低分子肝素，服用前必須要做凝血的檢查，副作用也是出血；然后，抗血小板聚集的藥物阿司匹林、硫酸氫氯吡格雷；以及降纖的藥物有降纖酶、巴曲酶等，用巴曲酶時，也需要監測凝血結果。另外，血管稀釋療法也可治療腦血管，降低血液粘度、改善微循環和補充血容量，常用藥物為右旋糖酐。此外，治療腦血管堵塞的藥物還有鈣離子拮抗劑、尼莫地平、尼卡地平、胞磷膽堿、維生素E等等。