新生兒單純皰疹病毒感染可采用隔離、避免搔抓等常規療法，并與阿昔洛韋、萬乃洛韋、泛昔洛韋、爐甘石洗劑等抗組胺藥聯合用藥。具體是這樣的：
一、總體治療
1.兒童應在所有的皮疹結痂和干燥前進行隔離。
2.患兒發熱時要多注意休息，多飲水，多進食易消化的食品，注意保持皮膚的干凈，避免抓破皰疹，要剪短指甲，并在手指上纏上紗布。
二、藥物治療
1.阿昔洛韋是治療新生兒單純皰疹感染的首選藥物。
2.泛昔洛韋、萬乃洛韋具有較高的生物利用率和較好的療效。
3.如果有皮疹，可以外用爐甘石洗劑或者是口服抗組織胺藥。
4.如果皰疹破裂或繼發感染，可以在局部涂抹抗生素。三、手術治療不需要手術。