小便時龜頭痛可能由多種原因引起，常見的有：
1.輸尿管結石：結石阻塞輸尿管，導致輸尿管黏膜受損刺激，出現龜頭疼痛。結石形成的原因可能是代謝紊亂或者輸尿管口梗阻。
2.包皮龜頭炎：包皮覆蓋的龜頭局部組織因病原體感染出現炎癥反應，導致龜頭紅腫、分泌物增多、疼痛。這種情況多見于包皮過長、清潔不當的男性。
3.尿路感染：腎盂腎炎或膀胱炎等尿路感染，可引起尿頻、尿急、腎區或小腹疼痛，并可能因尿液刺激而引起龜頭疼痛。感染多由腸道致病菌經尿道上行感染致病。
因此，小便時龜頭痛可能是多種泌尿系統疾病的表現，需要根據癥狀和體征確定引起原因，然后針對性地進行治療。