亞急性甲狀腺炎和甲亢發病機制不同，治療方法不同。
甲亢是由于疾病原因導致甲狀腺激素分泌過多而發生的一種疾病。而急性甲狀腺炎，是由于急性炎癥破壞甲狀腺濾泡細胞，導致，甲狀腺儲存的甲狀腺素過度釋放進入人的血液當中引起的類似甲亢的癥狀，而亞急性甲狀腺炎，隨著血液中的甲狀腺激素被消耗會自行恢復，所以這種情況也被稱為一過性甲亢，不需要使用抗甲狀腺藥物治療。
亞急性甲狀腺炎多數都是可以自行恢復的，治療期間要做好飲食調理，保持營養均衡，多吃含蛋白質和鈣高的食物，還要有規律的做一些運動。