埃博拉病毒病的傳染源主要是感染埃博拉病毒的人和非人靈長類動物，埃博拉病毒的自然宿主為狐蝠科的果蝠，尤其是錘頭果蝠，富氏前肩頭果蝠和小領果蝠，埃博拉病毒主要在果蝠間循環，通常不引發癥狀，偶爾會傳染給黑猩猩，大猩猩等非人靈長類動物而致其死亡，森林羚羊，豪豬等哺乳動物也可被感染死亡，人接觸了感染埃博拉病毒的人和動物后，可能被感染。