肥厚型心肌病的患者預期生命差別很大，與是否有流出道梗阻，是否進行及時治療，以及患者對治療的反應是否較好等許多因素有關。如果不及時治療，部分梗阻性肥厚型心肌病的患者，可能會發生青少年猝死。經過治療的梗阻性肥厚型心肌病的患者，可以活到中年甚至中年以上。對治療反應非常好的非梗阻性患者，壽命可能接近正常人。