流感疫苗后高熱39℃反復發熱可能是疫苗不良反應、上呼吸道感染、肺炎支原體感染、急性腎盂腎炎、系統性紅斑狼瘡等因素所致，建議患者及時前往正規醫院就診檢查，在醫生的指導下選擇日常護理、藥物治療或手術治療等方式進行處理。
1、疫苗不良反應：流感疫苗接種后，部分人可能會出現發熱等不良反應，這是身體對疫苗的一種免疫反應。疫苗進入人體后，刺激免疫系統產生抗體，在此過程中可能引起發熱，伴隨癥狀有乏力、肌肉酸痛等。一般情況下，可通過物理降溫如溫水擦浴等方式緩解，若體溫持續不降或伴有嚴重不適，可在醫生的指導下服用對乙酰氨基酚片、布洛芬緩釋膠囊、雙氯芬酸鈉緩釋片等藥物。
2、上呼吸道感染：接種疫苗后如果不注意保暖等，可能會誘發上呼吸道感染。病毒或細菌侵犯呼吸道黏膜，引起炎癥反應，導致發熱，伴隨癥狀有咳嗽、流鼻涕等。患者可以在醫生的指導下服用阿莫西林膠囊、頭孢克肟膠囊、鹽酸左氧氟沙星膠囊等藥物進行治療。
3、肺炎支原體感染：可能因接觸了肺炎支原體而感染。肺炎支原體感染呼吸道后，引起炎癥反應，可出現高熱反復的癥狀，伴隨癥狀有咳嗽劇烈、胸痛等。患者可以在醫生的指導下服用阿奇霉素片、羅紅霉素膠囊、克拉霉素片等藥物進行治療。
4、急性腎盂腎炎：可能是細菌經尿道上行感染腎臟引起。炎癥刺激腎臟組織，導致發熱，伴隨癥狀有腰痛、尿頻、尿急等。患者可以在醫生的指導下服用頭孢地尼分散片、左氧氟沙星片、阿莫西林克拉維酸鉀片等藥物進行治療。
5、系統性紅斑狼瘡：雖然流感疫苗一般不會直接引發系統性紅斑狼瘡，但如果患者本身有潛在的免疫異常，接種疫苗后可能誘發疾病發作。系統性紅斑狼瘡是一種自身免疫性疾病，免疫系統攻擊自身組織，可出現高熱等癥狀，伴隨癥狀有面部紅斑、關節疼痛等。患者需要在醫生的指導下使用糖皮質激素如潑尼松片、甲潑尼龍片等，以及免疫抑制劑如環磷酰胺片、嗎替麥考酚酯分散片等藥物進行治療。
此外，患者應注意休息，多喝水，促進身體代謝。飲食宜清淡，避免食用辛辣、油膩、刺激性食物。