注射流感疫苗后高燒39℃，且反復出現，多數為藥物的不良反應，也可能由上呼吸道感染導致。通常要及時到醫院就診，根據具體的病因，在醫生的指導下治療。
1、藥物不良反應：每個人的體質都不一樣，如果體質比較虛弱，有可能會引起機體對流感疫苗產生免疫反應，促使機體產生抗體引起反復發燒、高燒39℃的情況，部分人群可能還會出現惡心嘔吐的情況。但也有可能因為藥物制作過程中混入致熱物質引起，必要時需要到正規的醫院做血常規檢查，根據檢查結果，在醫生的指導下服用解熱鎮痛藥進行治療，如對乙酰氨基酚等。還可配合物理降溫，用溫水擦拭額頭、頸部、腋窩等處，均有利于機體散熱；
2、感染：注射疫苗后，身體免疫力可出現一過性的下降，如果這個階段去了疫區，或者著涼了，就有可能發生一些感染性疾病。如上呼吸道感染，可能剛好在注射流感疫苗后出現，多數由自身抵抗力低下引起，通常伴有反復發燒、咳嗽等癥狀，還有可能出現鼻塞、全身乏力的情況。每個人的病情程度不一樣，因此出現的癥狀也有所不同，如果高燒39℃反復發燒，通常需要在醫生的指導下，服用對阿司匹林等退熱的藥物進行治療，也可以服用布洛芬緩釋膠囊進行改善，均能夠起到降熱的作用。