肛瘺切除術和掛線手術相比，肛瘺切除手術的痛苦會相對較小。肛瘺掛線手術后，由于對括約肌有切割作用，可能會導致括約肌痙攣疼痛，使患者存在一定的痛苦。
肛瘺是肛周慢性感染性疾病，多繼發于肛周膿腫破潰或肛周膿腫切開引流術后，可以表現為肛周皮膚紅腫、疼痛、破潰流膿，而手術是治愈肛瘺的唯一方法。一般根據肛瘺位置高低及瘺管的多少，可以分為單純性肛瘺、復雜性肛瘺、高位肛瘺，以及低位肛瘺。
如果肛瘺位置低，且為單純性肛瘺，可以直接行肛瘺切除。手術后，定期創面換藥即可。術后痛苦較小，愈合也較快。如果肛瘺位置較深，瘺管復雜，手術時可能需要掛線。術后需要定期進行慢性切割肛門括約肌，可以導致括約肌痙攣性疼痛不適，具有一定的痛苦，而且術后愈合時間也會相對延長，拆線時也會有一定的痛苦。
但是具體選擇哪一種手術，需要根據肛瘺位置決定。為了有效預防該病的發生及加重，日常生活飲食中，需要合理規律清淡飲食，少吃辛辣、刺激、油膩食物，如蔥、姜、蒜、辣椒、酒、咖啡等，同時避免熬夜，適量運動，以增強體質。