毛囊發炎有膿包可以根據膿包的成因來選擇相應的外用藥物或口服藥物進行治療。
1、外用藥物：細菌感染可以使用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏、克林霉素磷酸酯凝膠、碘伏等，這些藥物具有抗感染作用，有助于減輕炎癥和消除膿包。魚石脂軟膏適用于膿包早期未破潰時，使用后可促進膿包成熟、破潰。
真菌感染可以使用酮康唑乳膏、曲安奈德益康唑乳膏等抗真菌藥物，這些藥物可以抑制真菌生長，減輕癥狀。
2、口服藥物：細菌感染可以在醫生指導下口服鹽酸多西環素片、頭孢呋辛酯片、羅紅霉素膠囊、阿莫西林膠囊等抗生素，這些藥物可以殺滅細菌，減輕炎癥。還可以選用連翹敗毒丸等中成藥，以及免疫調節劑如轉移因子等，以增強免疫力，促進恢復。真菌感染可以口服伊曲康唑膠囊、氟康唑膠囊等抗真菌藥物，這些藥物可以抑制真菌生長，減輕癥狀。
需注意用藥時務必謹遵醫囑，對于較大膿包或藥物治療效果不佳者，可以采用手術治療，在局部麻醉后切開膿包，將膿液引流出來，并進行換藥處理。