通常情況下，跑完50米后膝蓋痛可能是運動量比較大、關節炎等原因引起的，患者需要對癥處理，具體分析如下：
1.運動量比較大：如果長時間缺乏運動或運動比較劇烈，可能會出現跑完50米后膝蓋痛的現象，一般休息之后可以得到緩解，也可以通過局部熱敷、按摩等方法進行緩解，加快局部血液循環，從而減輕疼痛。
2.關節炎：在跑步運動過程中會加重關節炎的癥狀，可能會引起跑完50米后膝蓋痛的癥狀，同時膝蓋也會伴有紅腫的癥狀，建議在醫生的指導下服用布洛芬膠囊、洛索洛芬鈉顆粒等藥物進行治療，平時不要進行劇烈的運動，應注意多休息。