正常狀態下婦女的陰道內存在著種類繁多的陰道微生物，這些微生物互相依賴并且互相制約，可以達到動態的生態平衡，所以并不會導致女性生殖道感染。陰道正常菌群包括革蘭氏陽性需氧菌、革蘭氏陰性需氧菌、厭氧菌、支原體、假絲酵母菌等。
革蘭氏陽性需氧菌中的乳桿菌在維持陰道正常菌群平衡中起到重要的作用，乳桿菌會使陰道鱗狀上皮內的糖原轉化為乳酸，從而維持陰道正常的酸性環境。正常的陰道pH值多在3.8-4.4，可以抑制其他病原體生長，并且也有利于陰道乳桿菌的生長，使得陰道乳桿菌在陰道菌群中處于優勢。
絕經后的女性以及嬰幼兒的雌激素水平相對較低，可以造成陰道乳桿菌含量減少，就可能導致其他致病菌大量生長，進而造成陰道感染。此外，不良的生活習慣如頻繁進行陰道沖洗、頻繁性交，都可能造成陰道pH值升高，導致其他致病菌過度生長，從而引起陰道炎。
女性平時要注意去除影響陰道正常菌群的誘因，如避免長期應用廣譜抗生素或激素類制劑，避免穿緊身化纖內褲或者過度陰道沖洗等，可以保持陰道微生態平衡，避免發生生殖道感染。