位于扁桃體表面的結石可能可以看得到，但是位于扁桃體背面、下面等部位的結石一般看不到。
扁桃體結石一般是發生在扁桃體隱窩的無機鹽沉積物，小者如砂粒，大者如鴿卵，臨床上扁桃體結石常長在扁桃體上隱窩處。扁桃體隱窩為口咽兩側腭舌弓與腭咽弓圍成的三角形結構，如果患者的結石長在表面，常位于扁桃體上隱窩處，患者照鏡子時可以將嘴長大，可以看到扁桃體表面凹凸不平，而每一個凹陷的地方就是一個隱窩，一般可以肉眼看到長在隱窩處的小白斑。但是如果患者的結石長在扁桃體背面、下面等部位，通常需要喉鏡才能看到。
如果扁桃體結石較小，患者一般無明顯的癥狀，醫生通常會使用鉗子將結石取出。隨著結石增大，患者可能會出現咽部異物感、咽痛、咽癢、口臭等情況，還可能會伴隨出現惡寒、發熱等不適。患者出現以上情況時，建議做扁桃體切除術、切開取石術等。
患者需要配合醫生治療，還應戒煙戒酒，多喝溫水，避免食用堅硬、難以吞咽的食物，比如脆骨、堅果等，以免刺激咽喉。