肩袖損傷術后三個月了還疼，可能是局部血液循環不暢、未恢復完全、局部受傷、術后感染等因素導致的。建議術后注意傷口護理，如果出現不適癥狀，建議及時告知醫生，采取救治。
1、局部血液循環不暢：在采取肩袖損傷術后，為避免手部活動而影響傷口恢復，可能會采取手部固定。因為手部長期受固定，沒有活動，可能會影響手臂血液循環，引起手部疼痛、僵硬、麻木等不適癥狀。這屬于較為常見的現象，建議在術后拆除固定后，及時采取康復訓練。
2、未恢復完全：如果病情較為嚴重，在采取手術后，術后恢復時間可能會比較長，三個月的恢復時間可能不夠，此時患處還未恢復完全，可能會引起疼痛的情況。這是較為常見的情況，建議恢復期間不要隨意活動手臂，避免影響病情恢復。
3、局部受傷：如果在恢復期間，沒有注意傷口保護，導致患處受到磕碰后，可能會出現瘀腫、疼痛等不適癥狀。如果磕碰比較輕微，一般不做特殊處理；如疼痛劇烈，可能需要遵醫囑使用布洛芬緩釋膠囊、塞來昔布膠囊等止痛藥緩解。
4、術后感染：如果術后沒有注意傷口護理，受到細菌感染，可能會引起傷口疼痛、潰爛、發熱等不適癥狀，建議及時采取抗感染治療，可以遵醫囑使用頭孢克洛顆粒、頭孢地尼分散片等抗生素治療。
此外，肩袖內組織粘連，也可能會引起傷口疼痛，建議及時采取治療。