如果適量地吃褪黑素軟糖，一般不會有明顯的副作用；但如果過量地吃褪黑素軟糖，則可能產生頭痛、刺激胃腸道、影響正常睡眠等副作用。
1、頭痛：褪黑素是松果體產生的一種胺類激素，如果使用者不注意控制褪黑素軟糖的用量，可能導致體內褪黑素水平出現明顯的變化，可能刺激大腦神經，導致頭部出現較為明顯的疼痛癥狀。
2、刺激胃腸道：如果過量地服用褪黑素軟糖，容易加重胃腸道負擔，可導致局部黏膜受到較強刺激，引起腹脹、腹痛、惡心、反酸、嘔吐等不適癥狀。
3、影響正常睡眠：雖然吃褪黑素軟糖在一定程度上有助于提高睡眠質量，有益于改善失眠、早醒等情況。但是如果使用者長期大量地吃褪黑素軟糖，可能會導致機體對褪黑素軟糖產生較強的依賴性，令使用者在暫停服用褪黑素軟糖后出現更為嚴重的睡眠障礙，可導致生物鐘受到更為明顯的影響。
不當服用褪黑素軟糖還可能有其他副作用，如影響精神狀態、造成性早熟、加重肝腎負擔、增加發生腦血管意外的風險等。因此，使用者要避免盲目地使用褪黑素軟糖。如果睡眠質量較差，并且已經嚴重影響了日常生活，使用者可以在醫生指導下使用艾司唑侖片、阿普唑侖片等藥物進行治療，以抑制中樞神經系統，進而鎮靜、助眠。
