肺部真菌感染分為隱球菌感染、孢子菌感染、念珠菌感染、曲霉菌感染，死亡率、病死率各不相同。而念珠菌感染和曲霉菌感染尚無死亡率，可參考病死率。
1、隱球菌感染：如果患者為隱球菌感染，通常起病較急，可能會出現意識障礙、明顯的神經系統定位體征，預后較差，死亡率可達10%-44%，早期診斷和積極治療可以幫助降低死亡率；
2、孢子菌感染：如果不經有效治療，呼吸衰竭會持續加重，最終導致死亡，治療在疾病早期肺泡尚未出現嚴重損害時最有效。艾滋病病毒感染者合并肺孢子菌感染，即使經過有效治療，病死率在1個月內仍高達15%-20%，1年為50%-55%。需要機械通氣輔助呼吸的危重癥患者的死亡率為60%，非艾滋病病毒感染的患者死亡率為40%。如果能夠早發現、早治療，通常能夠有較好的治療效果；
3、念珠菌感染：念珠菌可能會出現在任何部位，均可以引起潛在致命的播散性，或全身性念珠菌感染，盡管有時念珠菌數量不多。如果是DIC患者、糖尿病患者，極有可能全身播散，常預后較差，所以一旦發生念珠菌感染，通常病死率較高，為15%-25%，最高達47%，死亡率不明；
4、曲霉菌感染：患者如果出現免疫重建，侵襲性曲霉菌感染通常可以治愈，但過敏性及慢性曲霉菌感染則不能。如果能明確診斷并給予治療，侵襲性曲霉菌感染的病死率低于50%，如未能及時診斷，病死率可達100%，死亡率不明。