睡了一覺起來肚子特別疼，可能是由生理因素和病理因素導致，生理因素包括腹部受涼、膀胱充盈。病理因素包括腸痙攣、胃腸功能紊亂、直腸癌等。如果患者發現癥狀加重、持續時間長，應及時到醫院消化科就診。
一、生理原因：1、腹部受涼：由于晚上睡覺沒有蓋好被子，腹部受涼，胃腸道受到寒冷空氣刺激，從而出現睡了一覺起來肚子特別疼的癥狀。患者可以使用熱水袋熱敷腹部，從而緩解癥狀；
2、膀胱充盈：睡了一覺起來，膀胱儲存尿液量多，導致腹部張力大，并壓迫到其他器官，從而出現睡了一覺起來肚子特別疼的情況，排尿后可逐漸緩解。
二、病理原因：1、腸痙攣：患者飲食不當、經常飲酒等都會誘發腸痙攣，睡了一覺之后，由于新陳代謝速度加快，腸壁平滑肌陣發性強烈收縮，胃腸蠕動增快，從而出現睡了一覺起來肚子特別疼的癥狀，可在醫生的建議下服用胃痛平膠囊、健胃止疼五味膠囊等藥物緩解；
2、胃腸功能紊亂：精神壓力大、免疫力低下等因素，都可能會誘發胃腸功能紊亂，刺激胃部迷走神經，導致胃部植物神經紊亂，使胃酸分泌過多而刺激胃黏膜，出現腹痛、腹脹等情況。當患者睡醒后神經復蘇，肚子疼的感覺會加劇，即可表現為睡了一覺起來肚子特別疼?？稍卺t生的指導下使用復方苯巴比妥溴化鈉片、酒石酸美托洛爾片等藥物進行治療；
3、直腸癌：直腸癌的病因尚不清楚，可能與飲食等因素有關，癌種侵犯致腸管狹窄，當造成腸管部分梗阻后，經過睡覺期間的消化，使糞便增多，腸道受到刺激，可能會出現睡了一覺起來肚子特別疼的癥狀。直腸癌的治療以手術治療為主，如直腸癌根治術。