補脾益腸丸和參苓白術散都是中藥制劑，但其在成分、功效以及主治疾病等方面存在明顯的區別。
首先，從藥物成分來看，補脾益腸丸主要由黃芪、黨參、砂仁、白芍、當歸、白術、防風、木香、補骨脂等中藥組成。而參苓白術散則主要由白扁豆、茯苓、山藥、砂仁、薏苡仁、蓮子、人參、白術、桔梗、甘草等中藥組成。兩者雖然都包含白術和砂仁，但其他主要成分有所區別，這也決定了二者在功效上的差異。
其次，從功效來看，補脾益腸丸具有補中益氣、健脾和胃、澀腸止瀉的功效，主要用于治療脾虛泄瀉癥，臨床表現為腹瀉腹痛、腹脹、腸鳴等癥狀。而參苓白術散則具有補脾胃、益肺氣的功效，常用于治療脾胃虛弱、食少便溏、氣短咳嗽等病癥，也可以用于減輕胃腸型高原反應、減輕治療肺疾病過程中肝功能損害和胃腸道不良反應。
此外，兩者在治療疾病方面也存在不同。補脾益腸丸主要用于治療脾虛泄瀉等，而參苓白術散則更側重于治療脾胃氣虛、受納運化失職所致的厭食等癥狀，包括緩解厭食或拒食、精神不振、乏力、自汗、形體消瘦等。
最后，兩者在禁忌和注意事項上也有所不同。例如，補脾益腸丸孕婦禁用，泄瀉時腹部熱脹痛者忌服，服藥期間需忌食生冷、辛辣油膩之物等。而參苓白術散在使用時，也需遵醫囑，避免與其他藥物發生相互作用。