肛瘺是肛腺感染后引起的慢性炎癥性疾病，瘺管連接肛腺和外口，即使剪掉外口的炎性增生組織，未處理慢性感染的瘺管，患者后續仍然可能復發，因此患者需要去醫院就診，通過手術進行治療。
多數肛瘺起自肛門直腸周圍膿腫，當膿腫自行潰破或切開引流后，在肛周皮膚形成外口，膿腫逐漸縮小成為感染性管道，形成肛瘺。肛管直腸內糞便和原發病灶感染物不斷從內口擠向肛瘺管道，加上管道迂回曲折，膿液引流不暢，如果外口皮膚生長較快，外口可暫時閉合，為假性愈合，然后可發生紅腫而再形成閉合。已閉合的肛瘺外口可再次被膿腫穿破，或在附近形成另一外口，反復發作，逐漸形成一個內口和多個外口的復雜性肛瘺。肛瘺患者需根據病因、病程、病情嚴重程度、患者情況等進行治療，肛瘺不能自愈，有效方法是手術治療，輔以中藥治療。肛瘺患者即使將肛瘺外口的贅生物剪掉，也需要及時去醫院就診，需要通過手術處理肛管，通過手術徹底治療肛瘺。
手術治療肛瘺時，需降低手術對肛門括約肌的損害，保留肛門的基本功能與形態，其次要引流膿液，最后需剃除瘺管。通過手術治療肛瘺，可以剔除已經被感染的肛腺，將肛門瘺管中的堵塞物清除干凈，避免再形成膿腫引發肛瘺。