肛瘺術后藥膏不需要涂到洞里面，涂抹在手術創面上即可。除此之外，需要注意飲食、消毒等方面，以免對恢復不利。
肛瘺由內口、外口、瘺管三部分組成，手術會將內口、瘺管以及外口切除，留下的創面可能比較疼痛，而將藥膏涂抹在手術創面即可達到止痛、促進創面愈合的作用。常用的藥膏有復方角菜酸酯乳膏等，具有消腫、止痛、止癢等作用，也可以涂抹康復新液，能加快肉芽組織快速生長，有利于創面愈合。
肛瘺術后除了涂抹藥膏，還需要做好消毒、換藥，以及合理飲食。而在換藥之前應盡量清空大便，用合適比例的高錳酸鉀清洗切口，再用碘伏輕輕擦去創面分泌物以及壞死組織，以免留下死腔。之后塞入凡士林油紗條，以免傷口發生假性愈合，并且有助于切口引流。另外，手術后應避免吃辛辣刺激性食物，可以多吃膳食纖維豐富的蔬菜、水果，比如菠菜、火龍果、西紅柿、蘋果等，從而保持大便軟化、通暢，以免干燥的大便對切口造成刺激，不利于切口愈合。
