染色體有缺失并不一定有問題，而是需要根據染色體有缺失的部位和大小進行綜合判斷，若發現胎兒染色體缺失，建議排查父母雙方的染色體，以及查閱相關文獻資料，以確定是否有問題。
若染色體缺失的基因較少，并且并不攜帶重要的功能基因，或發現胎兒染色體缺失后，對父母的染色體進行比對時，發現與父母一方或父母雙方的染色體缺失一致，而父母正常，此時父母作為此染色體缺失的先證者，或進行染色體基因庫查閱，發現此染色體基因缺失并未致病，則染色體有缺失一般沒有問題。但是，若染色體基因缺失較大，或伴有功能基因的缺失，或與父母染色體缺失的部位不一致，或缺失情況一致，但父母一方存在問題，又或者染色體基因庫中發現此染色體基因缺失會致病，若為上述幾種情況，染色體缺失就一定有問題。
因此，染色體缺失是否有問題，還需要結合具體情況進行判斷，并且要積極進行產前檢查，以確定胎兒是否存在染色體缺失，以便采取針對性的治療措施。