小男孩陰莖疼可以掛泌尿外科、兒科、小兒泌尿外科。其中泌尿外科診療范圍包括泌尿系統、男性生殖系統，而小男孩的陰莖屬于男性生殖系統。如果部分醫院未開展小兒泌尿外科，此時可以掛兒科。
小男孩陰莖疼的原因比較多，可能是由于小男孩包皮在青春期前覆蓋龜頭，而包皮分泌的皮脂、尿漬、細菌等，形成包皮垢，刺激包皮龜頭，形成炎癥，出現疼痛的癥狀。這種情況下，小男孩陰莖疼可以掛泌尿外科或小兒泌尿外科。如果是由于褲子拉鏈引起的陰莖包皮損傷，由于小男孩的年齡比較小，兒科醫生的經驗比較豐富，所以還可以掛兒科。
如果小男孩陰莖疼是包皮炎反復發作導致，建議盡早進行包皮環切手術，此時小男孩處于生長發育期，傷口愈合的較快，對陰莖的正常發育也有幫助。