蘋果汁加熱后會損失一定營養，但加溫一般不會完全破壞蘋果汁的營養。蘋果汁大部分經過榨汁機榨出來，也有小部分是在市面上加工制成，口感酸甜且蘋果汁含有豐富的營養價值，如碳水化合物、膳食纖維、多種微量元素及維生素等營養，適當喝可對人體健康有一定好處。
如果蘋果汁被加熱后會造成蘋果汁部分的維生素流失，因為在蘋果汁用高溫加熱時，里面的部分維生素不耐熱，當到一定高溫時，部分維生素會被高溫殺死，從而導致蘋果汁的維生素被損失，同時蘋果汁的口感也有所改變。所以不建議蘋果汁高溫加熱。雖然蘋果汁的營養成分比較豐富，但要適量飲用，如果一次性喝太多或者是經常飲用，可能會導致胃腸不適，從而出現腹痛、嘔吐、腹瀉等現象發生。此外，蘋果汁糖分較高，建議血糖異常者慎重進食。