黑眼珠小可能是遺傳的非病理性原因導致的，也可能是真性小眼球、小角膜等病理性原因導致的，建議按醫囑對癥治療。
一、非病理性原因
遺傳：如果父母中存在黑眼珠小的情況，可能會導致子女黑眼珠偏小，但是這種情況一般不明顯，且沒有對患者造成沒有不適，一般不需要特殊治療。
二、病理性原因
1、真性小眼球：真性小眼球是胎兒發育過程中眼球在胚胎裂閉合以后停止發育，使眼球體積較正常者小，但無其他先天畸形。患者一般具有眼球小、角膜小、前房淺、房角窄、鞏膜厚、晶狀體大小正常或球形晶狀體、黃斑發育不良等癥狀，同時還會伴隨高度遠視等并發癥，可能需要通過晶狀體切除術、鞏膜開窗術等進行治療。
2、小角膜：小角膜是一種先天性發育異常，患者通常眼球直徑是正常，但角膜的直徑會縮小，通常小于10mm，若不伴其他異常，則視力較好，此外常伴有淺前房，易發生閉角型青光眼。如果發生青光眼，建議患者按醫囑使用前房角切開術、小梁切開術等手術進行治療。
如果患者黑眼珠小，應該盡早就醫進行眼部超聲檢查、眼底照相、光相干斷層掃描檢查、屈光度檢查、眼壓檢查、視野檢查等。