做腎穿刺的目的是取得腎臟上的活組織標本，或者取腎臟的皮質檢測腎單位、腎功能等方面的疾病，有可能會引起出血、疼痛、感染、動靜脈瘺，以及損傷周圍臟器等可逆性危害，但多無后遺癥的發生。
1、出血：做腎穿刺以后，局部傷口可能會出現短時間的出血，從而引起患者排血尿，尤其是凝血功能發生障礙時，有可能造成患者出血較多，嚴重時有可能會導致腎周血腫，甚至引起休克；
2、疼痛：患者做腎部穿刺后會出現傷口，或出現腎周血腫等情況，導致存在疼痛癥狀；
3、感染：做腎穿刺以后，若患者恢復不佳，有可能造成局部損傷組織出現細菌入侵，從而引起感染，患者可表現為急性腰痛、發熱，甚至排膿尿等危害；
4、動靜脈瘺：少數患者可能出現動靜脈瘺，在腎穿刺后立即出現動靜脈之間的異常通道，損傷局部可出現血腫。部分患者可出現震顫、雜音等，還可見皮膚存在色素沉著，足趾或手指等處常發生潰瘍，表現類似深靜脈血栓后癥狀；
5、損傷周圍臟器：在做腎穿刺過程中，若操作人員操作不當，對周圍的臟器，比如脾臟、結腸等器官造成誤穿，從而導致脾臟出血，嚴重時還可能需要進行手術治療，術后有可能會出現腹脹、腹痛等不適。
雖然做腎穿刺有一定的危害，但是為了診斷疾病，需要權衡利弊，建議結合醫生的意見，配合醫生做檢查，再根據檢查的結果評估病情，選擇合適的治療方案，以免延誤病情。