長期喝低聚異麥芽糖，一般不會有明顯的危害，但如果是長期過量飲用，則有可能會造成身體損害。低聚異麥芽糖是淀粉經過各種酶的作用后生成的分支低聚糖，經常用于食品加工。
雖然長期喝低聚異麥芽糖不會有明顯的危害，但是如果長期過量的飲用，仍有可能會造成血液內糖分堆積，尤其是胰腺功能、肝臟功能較差的人群，容易出現血糖升高的現象，而對于某些代謝功能異常的人群，則可能會導致肥胖的發生。除此之外，低聚異麥芽糖對大腸內的雙歧桿菌有較強的輔助增殖作用，所以長期喝有可能會導致腸道內菌群失調，嚴重時還有一定的概率會導致機體出現腹瀉的現象。
同時，除了危害之外，低聚異麥芽糖具有甜度低、耐高溫、難發酵、風味優良等特性，尤其可以與多種營養素結合制成保健食品，可以全部或部分代替蔗糖，添加到各種飲料食品中，且低聚異麥芽糖作為功能性食品，在小腸內可部分被水解吸收，能刺激腸蠕動，促進排便，因此比較適合排便困難的人群。