牙根發黑不存在最好的治療方式。牙根發黑可能是色素沉著、牙結石、氟斑牙等原因導致的，需要對癥進行治療。

1、色素沉著：

由于長時間食用有色食物，如咖啡、茶等，或存在吸煙習慣，同時沒有做好口腔清潔，色素會逐漸沉著于牙根，從而導致患者牙根發黑，可以入院通過齦上潔治術的方式將牙齒變白。

2、牙結石：

牙結石是指正在鈣化或已經鈣化的菌斑及軟垢，沉積在牙齒或修復體表面上，表面覆蓋大量菌斑，分布于牙根部位，可通過肉眼觀察到，為黑色、白色、黃色等。患者可以入院采取超聲波洗牙來治療，利用超聲波的高頻震蕩作用高效去除牙石、菌斑、色素的一種方法。

3、氟斑牙：

氟斑牙是指牙釉質發育時期人體攝入氟量過高所引起的特殊型釉質發育不全，嚴重的氟斑牙可導致牙根部位有白堊色或褐色的斑塊以及缺損。患者可以入院采取樹脂充填、貼面修復或全冠修復來治療。

出現該癥狀，還可能是牙髓炎、牙齦炎等原因導致的，需要入院就診，保持飲食的清淡。