跑步后膝蓋后面的腿窩筋疼，通常情況下是扭傷、腰椎間盤突出癥、乳酸堆積等原因引起的，建議患者到醫院進行檢查，了解病因后對癥治療，具體分析如下：
1.扭傷：如果肌肉出現扭傷，一般會產生比較嚴重的疼痛，出現跑步后膝蓋后面的腿窩筋疼的癥狀。患者可以在醫生指導下服用活血止痛膠囊、三七片、云南白藥膠囊等藥物進行治療。
2.腰椎間盤突出癥：患有腰椎間盤突出癥的患者，可能會導致局部神經根受到壓迫，在跑步時對腿部的神經產生刺激，出現膝蓋后面的腿窩筋疼的癥狀。患者可以在醫生的指導下使用鹽酸乙哌立松片、氨酚曲馬多片、布洛芬緩釋膠囊等藥物進行治療。
3.乳酸堆積：如果患者跑步時間過長，容易導致局部的肌肉產生了過多的乳酸，進而對肌肉組織產生較強的刺激，導致患者出現跑步后膝蓋后面的腿窩筋疼的癥狀。患者經過一段時間的休息后，癥狀即可好轉，一般不需要進行特殊治療，不必擔心。