清胃黃連丸通常是直接吞服，建議患者在飯后用藥。
清胃黃連丸是一種中成藥，是由黃連、石膏、桔梗、甘草、知母、玄參、地黃、牡丹皮、天花粉、連翹、梔子、黃柏、黃芩、赤芍組成。具有清胃瀉火、解毒消腫的功效，用于治療由肺胃火盛所致的口舌生瘡、咽喉腫痛等癥狀。由于此藥物比較苦，泡在水里溶化后可能會苦得無法服用，所以患者一般用溫水吞服即可。并且此藥物的藥性苦寒，容易損傷脾胃，一般在飯后服用，可減輕對黏膜的刺激性，以減少胃腸道不適，有利于藥物吸收。
用藥期間患者注意觀察自身情況，部分患者可能會出現腹瀉、腹痛、腹脹、惡心、嘔吐、食欲減退、便秘等胃腸不適癥狀，程度輕微一般無需特殊處理，通常可在持續用藥或停藥后1～2天內可自行緩解。如果腹瀉、嘔吐等情況嚴重，或已出現脫水或大便含血的癥狀，應立即就醫。此外，用藥期間患者不宜吃溫補性中藥，如阿膠、肉桂等，以免影響治療。
需要注意的是，對清胃黃連丸及其中任一成分過敏的人，禁止使用。哺乳期婦女、孕婦，以及有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應慎用。